凤凰山传灯寺始建于晚唐天祐二年（公元905年），位于今县城东北梅江河畔的凤凰山上，是境内最早的规模寺庙之一。

当时只在山顶两峰之间的鞍部建3间草屋，庙中供奉灵宫和观世音菩萨，据佛教 “佛法无边，能象明灯一样照亮世界，给人指点迷津，普渡人生”的教义，草庙命名为“传灯寺”，旨在传承佛家灯火，意为传授佛经的寺庙。到了宋代，秀山地区的龙、石、张、罗、方五姓土著民族酋首去朝庭进贡方物，皇帝御赐了他们两盏花灯让其带回，土人以其为宫中之物，将其供入传灯寺和家庙之中，奉为圣物。从此传灯寺又有了传承御赐花灯新的寓意。至今在秀山花灯的起源歌《大闹红灯》中仍有：“仁宗年间有五姓，朝庭进贡观花灯。红灯两盏带回家，世代相传到如今”的唱词。在秀山石姓的《石氏宗谱》中，还明确记载从宫庭提回花灯的人叫石腊，以后石氏灯班的灯堂牌位除了供有“金花小姐”、“银花二娘”、“腊光仙人”外，还有“石腊祖先”。

宋政和四年（1114年），俊倍洞土司杨敬敞在梅江河与平江河交汇的鸳鸯嘴筑“国字城”，后来该洞的千户长杨昌斌在鸳鸯嘴设司务（土司洞的分支行政机构），称“下俊倍洞”（俊倍洞址在今官舟）。元朝初年，鸳鸯司务杨胜岳（字金钻）晚年辞去司务职入凤凰山传灯寺炼丹修行，后死于传灯寺，现山中尚存金钻炼丹的石臼。这一史实现于清光绪《秀山县志》。杨胜岳在传灯寺期间，他已完全被凤凰山的美和传灯寺的神所迷住，10年没有下山。据传，山顶的斗大“来仪”石刻，就是出自杨胜岳之手。

明朝中叶，佛教高僧印光大师袁了凡提倡佛训学，著有《凡四训》，流传盛广，佛教再次得到兴盛。山中莲花洞前置观音庙，在凤凰山的鞍部建灵官庙，以传灯寺为轴心把观音庙、灵官庙连成一个整体，总建筑面积1000余平方米，大小房屋15间，有常熟田60挑，山林150亩，受戒弟子6人。殿宇巍峨，规模宏大，传灯寺里常年供奉花灯两盏永不烧毁（民间花灯每年正月初三出灯，正月十五烧灯），每年各村寨的花灯班均要先去传灯寺朝拜这两盏圣灯，先唱《参庙神调》：“花灯今日参庙神，各位神灵听分明，跳灯本是热闹事，瞌头作揖表虔诚”。再唱《参灯调》“今日来到花灯堂，左边供着的金花姐，右边供着银花娘，香纸腊烛来烧起，保佑万民得吉祥”。后再去走村窜寨跳花灯（离传灯寺远的灯班去本寨家庙或灯堂祭灯），年年如斯。《秀山县志》载：正月，秀山花灯满村寨“鱼龙漫衍，平凯最盛”。元宵灯火辉煌，到处是花灯、龙灯、各类灯彩、其民谚中就有“中秋月不明，雨打上元灯”的说法。

明代，是秀山佛教的鼎盛时期，秀山的梅江、石耶、平江流域、溶溪流域以及酉水流域有大小寺庙。“开旗”庙有受戒资格，起着统率作用，其他寺庙都称为子孙庙。“开旗”寺庙规模宏大，实力雄厚，寺庙的主持佛法资深，尊为“方丈”。传灯寺就属于“开旗”寺庙。六月凤凰山开山，因为每年的二月十九、六月十九和九月十九是观音菩萨的生日（传说观世音菩萨每年要生三次，二月十九为出生日，六月十九为出家日，九月十九为得道日）。因此，凡开山之后，善男信女前往朝山者络绎不绝。清人徐映台的《圣山传》中曾有这样的记载：“信众朝谒，岁如蚁聚、远近香客，往复弗绝”。其中有具体描写凤凰山传灯寺朝山的盛况：“拜朝山者，号曰进香。起于六月朔，止于六月终。倡者谓香头，先敛钱制旗。扶老携幼，结党成群。或数十，或百人，导黄旗，负黄袱，诺诺唱佛歌，前一呼，后从应，‘弥陀阿---佛’，虔诚之至，声振三山，无不为之动容者也。”

新中国成立后,由于历史的诸多原因,寺庙被毁,僧尼还俗.十一届三中全会以后,党的民族宗教政策得到贯彻落实,公民重新获得了宗教信仰自由.现境内的佛教信众民达10万余人,憾于没有一座象样的寺庙来作为载体.2002年10月24日,经县人民政府批准,同意恢复重修传灯寺对外开放,恢复重建的传灯寺,占地面积10余亩,建筑面积2108.94平方米，考虑到地势限制,将庙址移到凤凰山半坡,背靠主峰,前临火车站.应县人民政府邀请,重庆市佛教协会副会长,梁平双桂堂方丈身振大法师具体负责恢复重建工作。2003年4月9日,在县民宗委的主持下,来自重庆市各大寺庙的僧尼及各界的代表数百人,在凤凰山举行了隆重的恢复重建传灯寺奠基仪式。

2004年12月9日,秀山县凤凰山传灯寺举行盛大的落成庆典暨开光法会,使具有悠久历史、享誉武陵山区的丛林精品得以重建恢复，再现盛况。市佛协、贵州省铜仁地区佛协以及市内外29座寺院高僧前来祝贺。佛像开光由市佛协副会长、罗汉寺大果法师主持，周边区县寺院僧尼、居士和信教群众1000余人参加。

传灯寺现有僧人3名，信教居士900余名，信众数万人。